Les divisions souverainistes sont aussi des querelles de fond. Dans le mensuel La Nef (mai 2009), Bernard Seillier répond aux critiques de Paul-Marie Coûteaux. Le vice-président du MPF récuse le souverainisme comme doctrine politique.

Élu dans la précédente législature européenne comme député sur les listes du MPF, l'essayiste Paul-Marie Coûteaux n'a pas reçu l'investiture du mouvement Libertas dirigé par Philippe de Villiers pour les élections de 2009. Dans l'édition d'avril du mensuel catholique, il avait attaqué durement la stratégie du MPF. Pour Bernard Seillier, le souverainisme dont Paul-Marie Coûteaux se réclame est illusoire et hérétique :

Le souverainisme est en effet une idéologie qui affirme que l'indépendance et l'autorité d'un État-nation ne reconnaissent pas d'autres limites que celles qu'il veut bien se fixer à lui-même.

C'est à l'évidence une illusion car la vie internationale n'est faire que de négociations nécessitant des compromis. Chaque nation a des forces et des faiblesses l'empêchant de définir de manière unilatérale toutes ses positions. Fonder une rupture avec le MPF sur cette intransigeance ne peut que conduire son auteur à des dérives xénophobes et isolationnistes. En matière européenne, le souverainisme absolu masque difficilement une forme d'europhobie.

Or il ne faut pas confondre une Europe asservie à la bureaucratie et à l'idéologie libre-échangiste que nous récusons et l'Europe unifiée autour de sa civilisation surtout depuis la libération des nations de l'Europe de l'Est : l'Europe avec ses deux poumons selon l'expression de Jean Paul II.
[...] Au sein d'une même nation ensuite, la souveraineté de l'État doit connaître des limites, car la distinction morale entre le bien et le mal ne relève pas de la volonté politique, quel que soit  son mode d'expression, démocratique, oligarchique, aristocratique ou monarchique.
Or un souverainisme conséquent avec lui-même ne pourrait que refuser le consentement à une Vérité absolue et transcendante, pour définir ses positions en matière de morale familiale ou de bioéthique par exemple.

C'est pourquoi l'Église a déclaré que le souverainisme politique est une hérésie, car la souveraineté est d'abord un attribut divin.

Et Bernard Seillier explique ainsi que la seule position défendable soit celle d'une construction européenne de type confédéral, formée d'États-nations assurant une souveraineté limitée par la loi naturelle et par le principe de subsidiarité, et cela depuis la famille et cela jusqu'à l'échelon international le plus vaste avec tous les stades intermédiaires, au sein desquels la nation tient une place particulière.

Source : La Nef, mai 2009